Doyen de la Faculté des arts et des sciences de l'Université de Montréal depuis le 1er juin 2017, Frédéric Bouchard est professeur titulaire au Département de philosophie de cette université.
Auparavant, il a été vice-recteur associé à la recherche, à la découverte, à la création et à l'innovation de l'Université de Montréal, de 2015 à 2017, et a été le premier titulaire de la chaire ÉSOPE de philosophie, de 2014 à 2016. Il est membre du Centre interuniversitaire de recherche sur la science et la technologie (CIRST), dont il a été le directeur en 2014-2015. Il a été président de l'Association francophone pour le savoir (Acfas) de décembre 2015 à mars 2018.
Après avoir obtenu un baccalauréat et une maîtrise en philosophie de l'Université de Montréal, puis un doctorat en philosophie de la Duke University en 2004, il a fait des études postdoctorales à l'University of Toronto en 2005.
Il participe aux activités de plusieurs organismes œuvrant à l'essor de la recherche. Depuis 2016, il est président du conseil d'administration du Consortium Érudit et président du conseil d’administration des Presses de l'Université de Montréal. Il est également membre du conseil d'administration de la Société de philosophie des sciences, société savante dont le siège est à Paris, en France. Il a été président de l'Association canadienne de philosophie en 2014-2015, vice-président de la Société canadienne d'histoire et de philosophie des sciences de 2013 à 2016, ainsi que membre du conseil d'administration et du comité d’audit du Fonds de recherche du Québec – Société et culture (FRQSC) de 2012 à 2015.
Par ses recherches et son enseignement, M. Bouchard s’emploie à montrer l'apport de la philosophie à la recherche scientifique et à la compréhension de la nature et, inversement, à expliquer comment les avancées de la science peuvent contribuer à la réflexion philosophique classique.